سیستم های فرعی: بیوسنتز های NAD و NADP Subsystem: NAD and NADP Biosynthesis
- نوع فایل : کتاب
- زبان : فارسی
توضیحات
رشته های مرتبط: زیست شناسی، علوم سلولی و مولکولی، بیوشیمی، ژنتیک و میکروبیولوژی
مقدمه Nicotinamide Dinucleotide ((NAD و آنالوگ فسفوریلیته شده آنها (NADP) از عوامل مشترک و لازم الاجرای oxydoreductas ها درهمه اشکال زندگی سلولی می باشند. به انضمام نکته گفته شده, NAD یک آنزیم همکار مثل لیگاز NAD باکتریایی, عوامل گوناگون ریبوسیلاته کننده ADP و دیگر موارد میباشد. داسیتیلازها ی پروتئینی وابسته NAD متعلق به خانواده CobB/Sir2 اخیرا به سبب نقش ادراک شده درتعدادی ازفرایند های تنظیمی سلولهای یوکاریوتیک مورد توجه قرار گرفته است.سیر تکامل زیستی و حفاظتی منبع NAD در گونه های مختلف یکی از مهمترین اصول بیوشیمی متابولیک به شمار می آید. اگر چه بیشتر تحقیقات مطالعاتی بیوشیمی کلاسیک که به بیوسنتز NAD ارتباط دارند در دهه های ۶۰ تا ۸۰ انجام شده اند اما هنوز برخی از ژنهای کلیدی تا به حال ناشناخته باقی مانده است.تحلیلهای پیوسته و مقایسه ای ژنومها , شناسایی ژنهای گمشده قبلی را ممکن ساخته است و به ما اجازه میدهد تا دانش جمع آوری شده از تعدادی از ارگانیزمهای مدل نسبت به دیگر ارگانیزم ها را به پروژه تبدیل کنیم. نکاتی درخصوص سیستمهای فرعی جدولی از قوانین اساسی که به صورت مستقیم در وجوه مختلف بیوسنتز NAD دخیل است در پنل ۱ داده شده است . نمودار یک سیستم فرعی انعکاس دهنده واکنش های کلیدی گذرگاههایی است که به شکل گیری NAD &NADP می انجامد. این موضوع در پانل ۲ آمده است.توجه داشته باشید که این سیستم فرعی با تمامیت خود (که شامل گزینه ها ,اشکال غیر ارتولوگی آنزیم ها همانگونه که در پنخل ۱تعریف شدهمی باشد ) در هر نوع ارگانیزم ساده بکار برده نمی شود. ما اتفاقات قوانین نقشی اساسی را در تقریبا ۳۰۰ ژنوم که در نسخه جاری این سیستم فرعی لحاظشده است را مورد بررسی قراردادیم. ( در این آزاد سازی SEED دردسترس می باشد) . در میان گونه های تحلیلی ۲۱ archaea و۱۳ اوکاریوت ( eukaryotes )( موجوداتیکه یک هسته درسلولهایشان دارند) و مابقی باکتری میباشند. این تحلیل ها به ما اجازه میدهند تا حضور یا عدم حضور نمونه های نیمه مستقل که توسط دسته های فرعی این نقشها به کاربرده شده اند را تفسیر کنیم مثل بیوسنتز de novo از اسپارتات یا مازاد ویتامین B3 ازطریق NAM/NAPRT و غیره (به پنل ۱&2 مراجعه شود). ما بر آنیم ترکیبات مختلف چنین مدلها و دیگر ویژگیها همانند اشکال مختلف را با استفاده از مفهوم واریانتهای نقشی که با بارکدهای عددی طراحی شده اند را مورد محاسبه قرار دهیم.تحلیل های پراکندگی وایانتهای نقشی در میان گونه های مختلف مستلزم فهم تکامل ,فیزیولوژ و آنزیم شناسی بیو سنتز ANDمی باشد .بعلاوه این امر به ما اجازه میدهد تا مسئله های باز را ترسیم کرده (مثل ژن مفقود) ویک راهبردی را جهت روشن کردن موضوع ارائه دهیم. خلاصه ای از این دست مساله ها دربخش III (3)آمده است.
مقدمه Nicotinamide Dinucleotide ((NAD و آنالوگ فسفوریلیته شده آنها (NADP) از عوامل مشترک و لازم الاجرای oxydoreductas ها درهمه اشکال زندگی سلولی می باشند. به انضمام نکته گفته شده, NAD یک آنزیم همکار مثل لیگاز NAD باکتریایی, عوامل گوناگون ریبوسیلاته کننده ADP و دیگر موارد میباشد. داسیتیلازها ی پروتئینی وابسته NAD متعلق به خانواده CobB/Sir2 اخیرا به سبب نقش ادراک شده درتعدادی ازفرایند های تنظیمی سلولهای یوکاریوتیک مورد توجه قرار گرفته است.سیر تکامل زیستی و حفاظتی منبع NAD در گونه های مختلف یکی از مهمترین اصول بیوشیمی متابولیک به شمار می آید. اگر چه بیشتر تحقیقات مطالعاتی بیوشیمی کلاسیک که به بیوسنتز NAD ارتباط دارند در دهه های ۶۰ تا ۸۰ انجام شده اند اما هنوز برخی از ژنهای کلیدی تا به حال ناشناخته باقی مانده است.تحلیلهای پیوسته و مقایسه ای ژنومها , شناسایی ژنهای گمشده قبلی را ممکن ساخته است و به ما اجازه میدهد تا دانش جمع آوری شده از تعدادی از ارگانیزمهای مدل نسبت به دیگر ارگانیزم ها را به پروژه تبدیل کنیم. نکاتی درخصوص سیستمهای فرعی جدولی از قوانین اساسی که به صورت مستقیم در وجوه مختلف بیوسنتز NAD دخیل است در پنل ۱ داده شده است . نمودار یک سیستم فرعی انعکاس دهنده واکنش های کلیدی گذرگاههایی است که به شکل گیری NAD &NADP می انجامد. این موضوع در پانل ۲ آمده است.توجه داشته باشید که این سیستم فرعی با تمامیت خود (که شامل گزینه ها ,اشکال غیر ارتولوگی آنزیم ها همانگونه که در پنخل ۱تعریف شدهمی باشد ) در هر نوع ارگانیزم ساده بکار برده نمی شود. ما اتفاقات قوانین نقشی اساسی را در تقریبا ۳۰۰ ژنوم که در نسخه جاری این سیستم فرعی لحاظشده است را مورد بررسی قراردادیم. ( در این آزاد سازی SEED دردسترس می باشد) . در میان گونه های تحلیلی ۲۱ archaea و۱۳ اوکاریوت ( eukaryotes )( موجوداتیکه یک هسته درسلولهایشان دارند) و مابقی باکتری میباشند. این تحلیل ها به ما اجازه میدهند تا حضور یا عدم حضور نمونه های نیمه مستقل که توسط دسته های فرعی این نقشها به کاربرده شده اند را تفسیر کنیم مثل بیوسنتز de novo از اسپارتات یا مازاد ویتامین B3 ازطریق NAM/NAPRT و غیره (به پنل ۱&2 مراجعه شود). ما بر آنیم ترکیبات مختلف چنین مدلها و دیگر ویژگیها همانند اشکال مختلف را با استفاده از مفهوم واریانتهای نقشی که با بارکدهای عددی طراحی شده اند را مورد محاسبه قرار دهیم.تحلیل های پراکندگی وایانتهای نقشی در میان گونه های مختلف مستلزم فهم تکامل ,فیزیولوژ و آنزیم شناسی بیو سنتز ANDمی باشد .بعلاوه این امر به ما اجازه میدهد تا مسئله های باز را ترسیم کرده (مثل ژن مفقود) ویک راهبردی را جهت روشن کردن موضوع ارائه دهیم. خلاصه ای از این دست مساله ها دربخش III (3)آمده است.
Description
Nicotinamide dinucleotide (NAD) and its phosphorylated analog (NADP) are indispensable co-factors of numerous oxydoreductases in all forms of cellular life. In addition to that, NAD is a co-substrate for a number of other enzymes such as bacterial DNA ligase, various ADP-ribosylating factors, and a few others. NAD-dependent protein deacetylases of CobB/Sir2 family recently attracted much attention due to their perceived role in a number of regulatory processes in eukaryotic cells [1,2]. Biogenesis and maintenance of NAD pool in various species is one of the most important paradigms of metabolic biochemistry. Although most of the classic biochemical studies related to NAD biosynthesis were performed in 60-80s [3], many key genes remained unknown until recently. Sequencing and comparative analysis of genomes enabled identification of previously missing genes (for overview see [4,5,6]) and allowed us to project the accumulated knowledge from a handful of model organisms to many others. We have attempted to capture this growing understanding within a framework of the SEED subsystem.
