الگوهای تکاملی مولکولی در پروتئین مربوط به پاتوژنز Patterns of molecular evolution in pathogenesis-related proteins
- نوع فایل : کتاب
- زبان : فارسی
- ناشر : SBG
- چاپ و سال / کشور: 2005
توضیحات
رشته های مرتبط: زیست شناسی، ژنتیک، علوم سلولی و مولکولی، میکروبیولوژی و بیوانفورماتیک
- ژن کد ۱۳ کلاسی از پروتئین مربوط به پاتوژنز برای انتخاب مثبت با استفاده از حداکثر احتمال مدل جایگزینی کردن مورد بررسی قرار گفت. این بررسی شامل ۱۹۴ توالی از ۵۴ گونه متعلق به ۳۷ جنس است اگرچه اندازه توالی از ۲۳۷ جفت باز برای پروتئین مربوط به پاتوژنز ۱۲ به ۱۱۰ جفت باز متنوع مورد بررسی قرار گرفت. پروتئین پاتوژنز ۷ بیشتر کلاسها (۱۳-۱۲-۱۱-۱۰-۹) از دنباله ایی بیش از ۴۰۰ نوکلئوتید ساخته شده است. نشانه های مثبت انتخاب شده رد پروتئینهای ۹، ۸،۶، ۴و۱۵ با استفاده از روش بیزی، احتمال و آزمون نسبت به دست آمد. نتایج اهمیت انتخاب مثبت در پروتئین مربوطه به مکانیسم های دفاعی در حال حاضر در طیف وسیعی از موجودات زنده مشاهده شده است. واژه های کلیدی: پروتئینهای مربوط به پاتوژنز، تنوع مولکولی، انتخاب مثبت، روش حداکثر احتمال دریافت شده (سپتامبر ۲۰۰۳ و ۲۰۰۴ پذیرفته شده ۳۱ مارس). -مقدمه و معرفی پروتئین مربوط به پاتوژنز(PR)توسط میزبان گیاهان در پاسخ به موقعیت های آسیب شناختی کد گذاری می شود و به طو معمولی تجمع آنها نه تنها بصورت محلی در محل عفونت می باشد بلکه عفونت سیستمیک توسط باکتریها، قارچها و یا ویروس ها و یا القاء آنها توسط عوامل استرس زنده می باشد. این پروتئین ها دارای یک آرایه وسیعی از توابع است که شامل هیدرولازها، فاکتورهای ونویس. پروتئاز مهار کننده، آنزیم های مرتبط با سوخت و مرتبط با سوخت و سازهای مختلف مسیر و و محصولات آلرژی زا می باشد. نقشهای کاربردی پروتئین مربوط به پاتوژنز به تعدادی از پروتئین های داخل یوکاریوتها و پروتئین های داخل سلولی درگیر توابع بسیار متمایز مثل گلبکوپروتئینهای اسپرم، فرآیند بلوغ در جوندگان، پروتئین ها در دانه و یا توسعه گل و تمایز آن مربوط می شود بنابراین عملکرد دفاعی پروتئین مربوط به پاتوژنز، پروتئین پس از ظهور آنها به عنوان خانواده ژن تکامل یافته است.
- ژن کد ۱۳ کلاسی از پروتئین مربوط به پاتوژنز برای انتخاب مثبت با استفاده از حداکثر احتمال مدل جایگزینی کردن مورد بررسی قرار گفت. این بررسی شامل ۱۹۴ توالی از ۵۴ گونه متعلق به ۳۷ جنس است اگرچه اندازه توالی از ۲۳۷ جفت باز برای پروتئین مربوط به پاتوژنز ۱۲ به ۱۱۰ جفت باز متنوع مورد بررسی قرار گرفت. پروتئین پاتوژنز ۷ بیشتر کلاسها (۱۳-۱۲-۱۱-۱۰-۹) از دنباله ایی بیش از ۴۰۰ نوکلئوتید ساخته شده است. نشانه های مثبت انتخاب شده رد پروتئینهای ۹، ۸،۶، ۴و۱۵ با استفاده از روش بیزی، احتمال و آزمون نسبت به دست آمد. نتایج اهمیت انتخاب مثبت در پروتئین مربوطه به مکانیسم های دفاعی در حال حاضر در طیف وسیعی از موجودات زنده مشاهده شده است. واژه های کلیدی: پروتئینهای مربوط به پاتوژنز، تنوع مولکولی، انتخاب مثبت، روش حداکثر احتمال دریافت شده (سپتامبر ۲۰۰۳ و ۲۰۰۴ پذیرفته شده ۳۱ مارس). -مقدمه و معرفی پروتئین مربوط به پاتوژنز(PR)توسط میزبان گیاهان در پاسخ به موقعیت های آسیب شناختی کد گذاری می شود و به طو معمولی تجمع آنها نه تنها بصورت محلی در محل عفونت می باشد بلکه عفونت سیستمیک توسط باکتریها، قارچها و یا ویروس ها و یا القاء آنها توسط عوامل استرس زنده می باشد. این پروتئین ها دارای یک آرایه وسیعی از توابع است که شامل هیدرولازها، فاکتورهای ونویس. پروتئاز مهار کننده، آنزیم های مرتبط با سوخت و مرتبط با سوخت و سازهای مختلف مسیر و و محصولات آلرژی زا می باشد. نقشهای کاربردی پروتئین مربوط به پاتوژنز به تعدادی از پروتئین های داخل یوکاریوتها و پروتئین های داخل سلولی درگیر توابع بسیار متمایز مثل گلبکوپروتئینهای اسپرم، فرآیند بلوغ در جوندگان، پروتئین ها در دانه و یا توسعه گل و تمایز آن مربوط می شود بنابراین عملکرد دفاعی پروتئین مربوط به پاتوژنز، پروتئین پس از ظهور آنها به عنوان خانواده ژن تکامل یافته است.
Description
The genes encoding 13 classes of pathogenesis-related (PR) proteins were examined for positive selection using maximum-likelihood (ML) models of codon substitution. The study involved 194 sequences from 54 species belonging to 37 genera. Although the sizes of the sequences examined varied from 237 bp for PR12 to 1,110 bp for PR7, most classes (9 out of 13) contained sequences made up of more than 400 nucleotides. Signs of positive selection were obtained for sites in PR proteins 4, 6, 8, 9 and 15 using an ML-based Bayesian method and likelihood ratio tests. These results confirm the importance of positive selection in proteins related to defense mechanisms already observed in a wide array of organisms.
